18 октября 2004 года принято постановление главы муниципального образования город Краснодар № 2759 «О создании муниципального учреждения дополнительного образования детей «Центр дополнительного образования для детей «Малая академия»».
19 декабря 2004 года в инспекции МНС России № 2 по г. Краснодару зарегистрирован Устав муниципального учреждения дополнительного образования детей «Центр дополнительного образования для детей «Малая академия»» (МУ ДОД ЦДОД «Малая академия»).
12 и 13 января 2005 года были приняты первые сотрудники учреждения, «Малая академия» начала работу как учреждение дополнительного образования детей.
С 13 января по 1 апреля 2005 года «Малая академия» находилась на базе СОШ № 8 (ул. Красноармейская, 7). Педагоги и руководство учреждения работали в помещении учительской, занятия с учащимися проводились только на базе школ города.
2 апреля 2005 года учреждение переехало в гимназию № 36 (ул. Красноармейская, 52), где располагалось в течение полутора лет, до августа 2006 года. Администрации (директору и заместителю), методисту и трём сотрудникам оргмассового отдела в качестве рабочих кабинетов были предоставлены два хозяйственных помещения на третьем этаже, предназначенных для склада и не оборудованных окнами, поэтому сотрудники работали при постоянном электрическом освещении.
Заведующие учебными отделами (3 человека) находились в помещении школьного музея на втором этаже, среди действующей экспозиции музея, что практически исключало индивидуальную работу со штатными педагогами и педагогами-совместителями.
Занятия с учащимися проводились на базе школ города, и только 4 группы, в основном состоящие из учащихся гимназии № 36, занимались в самой гимназии. Несмотря на все организационные трудности, учреждение работало слаженно и эффективно.
В июле — августе 2006 года рабочие кабинеты сотрудников и всё оборудование «Малой академии» находились в подвальном помещении гимназии № 36. Пользуясь летней солнечной погодой, сотрудники перенесли свои рабочие места из полутёмного подвала во двор гимназии. Именно в этих походно-полевых условиях творческой группой педагогов и методистов было разработано положение о городском фестивале «Именем Святой Екатерины», составной частью которого стали «Екатеринодарские юношеские чтения» и конкурс социальных проектов «Город, в котором я живу», успешно проводимые и в настоящее время, то есть уже 13 лет.
В самом конце августа 2006 года учреждение перебазировалось в переданные ему 8 помещений на первом этаже здания бывшей СОШ № 28 по ул. Чапаева, 85/1.
На новом месте административные и учебные кабинеты оказались в помещениях, которые не ремонтировались более 10 лет, при этом некоторые из них выглядели как настоящие аварийные объекты. Силами сотрудников были организованы субботники по наведению в комнатах и коридорах чистоты и порядка, сделан косметический ремонт.
С 1 сентября 2006 года штатные педагогические работники учреждения стали проводить занятия с учащимися непосредственно на базе «Малой академии».
В августе 2007 года учреждение переехало в помещения 2-го этажа того же здания, где располагается и сейчас. В течение 2007/08 учебного года, параллельно с занятиями, шёл ремонт, в результате которого наше крыло здания (12 офисных и учебных кабинетов на втором этаже, коридоры, два санузла) совершенно преобразилось. А ещё через год огромный бывший школьный спортзал превратился в три учебных кабинета и уютный, нарядный конференц-зал. Всё это стало возможным благодаря организационным усилиям директора «Малой академии» Наталии Юрьевны Мишаревой и финансовой поддержке администрации муниципального образования город Краснодар и городского департамента образования.
Первый директор учреждения, первые педагоги, первые крупные достижения и мероприятия.
Первый директор «Малой академии» — Елена Петровна Носенко, первый заместитель директора по учебно-воспитательной работе — Татьяна Васильевна Швецова, первые штатные педагоги дополнительного образования — Светлана Алексеевна Гробовая, Наталья Яковлевна Паскевич, первые педагоги-совместители — Валентина Алексеевна Каверга, Татьяна Ивановна Беляева, Татьяна Владимировна Самойленко, Татьяна Руслановна Подолян, Ольга Ивановна Попова, первые методисты — Екатерина Григорьевна Городничая, Татьяна Валентиновна Енокян, Ольга Леонидовна Селиванова. Все эти сотрудники приступили к работе в учреждении 13 января 2005 года.
Самые первые учебные объединения в истории Академии — «Друзья Маленького принца» и «Живое слово».
Объединение «Друзья Маленького принца» было создано на основе кружка юных биологов и экологов СОШ № 47, которым к тому времени уже несколько лет руководила Светлана Алексеевна Гробовая. В этом большом разновозрастном коллективе учащихся 5 – 9 классов многие ребята показывали отличные результаты на олимпиадах различного уровня по биологии и экологии, краевых и всероссийских научно-практических конференциях. Самыми яркими «звёздочками» объединения были ученики 9 класса Вячеслав Славко, Алина Айбатулина, Рената Гончарова, большие надежды подавали семиклассники Елена Рубец и Сергей Падалка.
Объединение юных журналистов и филологов «Живое слово» под руководством Натальи Яковлевны Паскевич было организовано в октябре 2001 года на базе СОШ № 51 для учащихся школ Карасунского и Центрального округов города Краснодара. С 2002 года к ним присоединились ребята из Западного и Прикубанского округов. Так объединение, в котором занимались 38 учащихся разных школ, стало общегородским — как бы прообразом будущей «Малой академии». В период с октября 2001 по декабрь 2004 года воспитанниками «Живого слова» были трёхкратный победитель городской, краевой и призёр всероссийской олимпиады по литературе Полина Зубарева; трёхкратные победители городских и двукратные призёры краевых олимпиад по русскому языку, по литературе, по журналистике Екатерина Попова, Юлия Юрикова, Светлана Ваховская; победители и призёры городской и краевой олимпиад по журналистике Мария Саврасенко, Александра Балабанова и многие другие ребята, завоевавшие за три года 65 призовых мест на городских, краевых, всероссийских олимпиадах.
С 14 января 2005 года «Друзья Маленького принца» и «Живое слово» в полном составе стали учебными объединениями городского Центра дополнительного образования детей «Малая академия».
Первое мероприятие в истории «Малой академии», подготовленное сотрудниками учреждения, — Международный День родного языка 22 февраля 2005 года на базе гимназии № 23, в котором участвовали делегации всех четырёх округов.
Первое крупное мероприятие городского уровня, проведённое коллективом «Малой академии», — II городская конференция школьников «Эврика — 2005», которая состоялась 24 марта 2005 года на базе СОШ № 42. По итогам окружных конференций стали призёрами и приняли участие в работе 13-ти секций городской конференции 155 школьников из 53 образовательных учреждений города. В работе жюри впервые приняли участие учёные краснодарских вузов: профессора Л. А. Исаева (КубГУ) и П. П. Радчевский (КубГАУ), доценты и преподаватели Г. Н. Титов, З. П. Щеглова (КубГУ), М. А. Динкевич, Д. С. Скрипник, И. В. Хмара, Т. Н. Пешкова (КубГАУ). В жюри работали также специалисты: Е. А. Хачатурова (КГИАМЗ им. Е. Д. Фелицына), Т. Л. Бурлаченко, Г. П. Никифоренко, З. П. Громадская (ГИНМАЦ), Л. И. Полушкина, И. И. Колыванова (ЦДКПП «Детство»). В числе 53 победителей и призёров этой конференции были и воспитанники «Малой академии»: Вячеслав Славко, Алина Айбатулина (научный руководитель С. А. Гробовая), Светлана Ваховская, Анна Шандрина, Наталия Мацко (научный руководитель Н. Я. Паскевич).
Первая значительная победа воспитанников Академии на всероссийском уровне — золотая медаль за лучшую работу в секции и диплом I степени Вячеслава Славко, диплом I степени Алины Айбатулиной, диплом II степени Ренаты Гончаровой на Всероссийской научной конференции школьников «Первые шаги в науку» в апреле 2005 года в Обнинске (научный руководитель С. А. Гробовая).
Первая крупная победа воспитанников Академии на олимпиаде — серебряная медаль и диплом призёра II степени заключительного этапа всероссийской олимпиады школьников по русскому языку, которые в апреле 2006 года завоевала Светлана Ваховская (объединение «Живое слово», наставник Н. Я. Паскевич). Светлана стала нашим самым первым лауреатом Премии государственной поддержки талантливой молодёжи в рамках приоритетного национального проекта «Образование» (2006 год). Через год, в апреле 2007 года, наши ребята получили уже целых три медали — два «золота» и «серебро»: Вячеслав Славко (наставник С. А. Гробовая) стал победителем заключительного этапа всероссийской олимпиады по экологии, а Татьяна Кучинко (наставник Н. Я. Паскевич) — победителем заключительного этапа всероссийской олимпиады по русскому языку и призёром заключительного этапа всероссийской олимпиады по литературе. Так Таня начала свой победный путь: она и по сей день остаётся единственным воспитанником «Малой академии», завоевавшим шесть медалей заключительного этапа всероссийской олимпиады — двукратный победитель и призёр олимпиады по русскому языку, победитель и двукратный призёр олимпиады по литературе!
Первая печатная методическая продукция учреждения была выпущена в июне 2005 года: информационный буклет «Малая академия» (издательство «Вольная Кубань», тираж 100 экземпляров) и сборник тезисов работ призёров городской научно-практической конференции «Эврика» (издательство «Просвещение-Юг», тираж 200 экземпляров).
Первая патриотическая акция «Малой академии» «Цветы у обелисков» была проведена педагогами Н. Я. Паскевич, Т. И. Беляевой и Л. В. Спешиловой 22 июня 2005 года (возложение цветов у мемориалов и обелисков в городах Краснодаре и Усть-Лабинске). С тех пор проходит ежегодно.
Первый номер малотиражной газеты «Академия» вышел в сентябре 2005 года ко Дню города.
Первый праздник «Созвездие талантов Академии» был проведён в мае 2006 года на базе СОШ № 97. С тех пор он проходит ежегодно. Праздник 2009 года стал одним из самых важных в нашей биографии: на нём впервые прозвучали клятва выпускников и их гимн «Нам без Академии не жить!» (автор текста — выпускница Елизавета Дворцова), которые теперь являются неотъемлемой частью этого мероприятия. Тогда же родилась традиция дарить «Малой академии» рушник с вышитыми на нём именами выпускников. Но самая первая песня о «Малой академии» прозвучала гораздо раньше, в марте 2005 года, а стихи для неё написала первый директор — Елена Петровна Носенко:
Историки и химики,
Психологи и физики.
Филологи, экологи —
Мы все одна семья.
И всех объединяет нас особое содружество:
Пусть — детская,
Пусть — «Малая»,
Но — «Академия»!
Первая профильная смена летнего лагеря «Академия личностного и интеллектуального роста» была проведена в июне — июле 2006 года на базе гимназии № 36. Тогда это был городской лагерь. Именно на эту, первую и единственную городскую смену в «АЛИР», а значит, и в «Малую академию» из разных школ города пришли ребята, которые впоследствии стали одними из самых звёздных наших выпускников: Серёжа Кравченко, Наташа Жарченко, Антон Литвин, Таня Кучинко, Катя Вербицкая, Таня Орлова и другие. Первая выездная смена «АЛИРа» в Ольгинке состоялась в июне 2007 года.